总司令，执掌北军军事大权，号令三军，全权指挥军队的军事行动，令陆军部长负责兵员招募、后勤补给等事务。这一举措加速了北军的胜利。

　　但是，林肯确立的指挥体系，有悖于法律规定，事实上剥夺了陆军部长的军事指挥权。格兰特当总统时，让其内战中的搭档谢尔曼出任陆军总司令统领陆军业务，并命陆军各局都要向谢尔曼报告工作，但遭到国会的猛烈批评，他只好收回成命。陆军部长和陆军总司令的职权仍然没有划清，这再次影响到此后进行的美西战争。

　　美西战争后，陆军部长鲁特认为职责混淆的情况再也不能继续下去了，该是结束陆军部长、陆军总司令以及陆军各行政、技术、后勤等部门三足鼎立、相互倾轧的时候了，应建立一个决策一元化的中心。他仿照德国总参谋部的样式来组建陆军的总参谋部，用陆军总参谋长取代陆军总司令。参谋部由作战军官控制，为总统和陆军部长就陆军的战略计划、陆军的发展等有关事宜提供咨询，对各部门的工作进行监督，并指导陆军的训练。其实鲁特的设想并不新奇，早在美国内战时，林肯就设立了陆军参谋长一职，便于林肯与总司令格兰特之间以及总司令与下属各战区指挥官之间进行联系，内战后也有人提出了要建立德式总参谋部的设想。

　　1903年国会通过的《参谋部法》基本上实现了鲁特的设想。在第一次世界大战时陆军参谋长与远征军总司令就军队指挥权问题产生了矛盾。这一矛盾在二战中得到解决。

　　海军的情况稍微好些，在指挥权方面上不存在这一问题。自海军部成立以来，一直是由文职部长在一些职员或委员会的协助下指挥海军的建设和军事行动，没有设立海军总司令。海军部各部门单独运作，并向部长报告工作情况。在马汉的《海权论》的鼓吹下，美国海军壮大起来，而且海军在战争中的作用日益突出，1915年美国在海军部设立了海军作战部部长（相当于陆军部的参谋长），作为海军部长的助手，海军作战部长有自己直属的参谋班子。

　　参联会出现了，但国防部也来了

　　因为没有一个统一的“国防部”，在战时总统还充当陆军和海军之间的联络人。由于海外作战需要制定联合作战计划，在美西战争时，陆军部长和海军部长组织了一个由两军种各派一名军官组成的陆海军委员会。尽管形同虚设，这个委员会具备了美军参联会的雏形。二战中，为便于协调指挥军事行动，为总统提供军事咨询，两军种（当时美国空军还依附于陆军）的高级指挥官组成了参谋长联席会议（简称参联会），陆军参谋长和海军作战部长是当然人选，负责陆军航空兵的陆军副参谋长也

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